1． 孢子分离法：属有性繁殖。对于香菇、平菇异宗结合的菇类，为避免产生单孢不孕现象，必须采用多孢分离法。单孢分离法主要用于杂交育种的研究。

（1）种菇的选择和处理

种菇选择的标准：必须纯正，具有本菌株性状，发育健壮，无病虫害，成熟度适当。种菇选定后，首先除去附着在菇体表面的杂物，如蘑菇、草菇可用0.1%升汞浸泡消毒2-3分钟，然后用无菌水漂洗3次，以洗除表面附着的药物，**用无菌纱布吸干水分。香菇、平菇可用75%酒精进行表面消毒。

（2）．多孢分离法

① 整菇播种法② 钩悬法③ 贴附法 4菌褶上抹取孢子法⑤ 孢子印分离法 ⑥ 空中孢子捕捉法

（3）．单孢子分离法

一般采用方法：平板稀释法、连续稀释法、毛细管法等。

2． 组织分离法

（1）子实体分离法（2）菌核分离法（3）菌索分离法：对一些不易找到子实体及菌核的菌类

3．基内菌丝分离法

对于子实体只有在特定的季节下出现，平时不易采到，或子实体小而薄或呈胶质状态

（1）菇木（或耳木）分离法：在食用菌繁殖旺盛期从菇木中分离菌丝体。

（2）代料基质分离法：分离前，选择一批子实体发生早、产量高、菇体尚幼嫩且生活力强而无病虫害的栽培袋，待子实体将近成熟时，去掉子实体，然后用75%酒精将培养袋进行消毒后，在培养料下1.5cm处挑取0.3cm的培养料小方块组织，接入试管培养基的中央，置于恒温下培养。

（3）土中菌丝分离法：用于采集生长在土中的菇类菌丝体。